Des séquences aux graphes

Les scientifiques observent le vivant tout autant à l’échelle macroscopique qu’à l’échelle microscopique. L’observation, poussée à son paroxysme, consiste à étudier au coeur des cellules les molécules du vivant qui en définissent leur fonctionnement : l’ADN et l’ARN.

Dans un organisme, l’ADN est le support de l’information génétique, appelé génome. Sous forme numérique, on le représente comme des textes de quatre lettres (A, C, G et T). À partir de ces séquences d’ADN, des méthodes informatiques décrites dans cet ouvrage répondent à des questions fondamentales en bioinformatique.

Des séquences aux graphes examine comment rechercher rapidement une séquence de quelques centaines de nucléotides dans un génome qui peut en faire quelques milliards, et comment comparer des séquences entre elles et reconstituer la séquence complète d’un génome. Il traite également du problème de l’identification des bactéries d’un milieu, ou encore de la prédiction de la structure des ARN à partir de leur séquence.